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Ahora que tenemos todas las figuras en una lista, podemos hacer
arreglos con nuestras figuras. Para esto usamos la función
ggarrange()
de la biblioteca ggpubr
. El
ggarrange()
toma múltiples argumentos, pero el principal
son las figuras que queremos arreglar. Podemos especificar las figuras
de dos formas, definiendo una lista con todas nuestras figuras, o si
queremos figuras concretas podemos definir las figuras una a una. Por
ejemplo:
library(ggpubr) # load the library
ggarrange(plotlist = figures)
Puede que esta no sea la mejor disposición para las figuras, ya que
es demasiada información, por lo que podemos organizarla en varias
‘páginas’. La forma en que ggarrange()
organiza la figura
es en una cuadrícula n x n. Si no se especifica, intentará organizar
todas las figuras en una sola cuadrícula, pero podemos usar los
argumentos ncol
y nrow
para limitar el número
de elementos por celda en nuestra cuadrícula. Por ejemplo:
ggarrange(plotlist = figures, ncol = 2, nrow = 1)
## $`1`
##
## $`2`
##
## $`3`
##
## attr(,"class")
## [1] "list" "ggarrange"
Si queremos seleccionar figuras específicas, tendremos que eliminarlas de la lista o simplemente agregarlas una por una. También podemos agregar etiquetas para referencia posterior en el pie de figura, por ejemplo:
toppanel <- ggarrange(
figures$bars, figures$box, # These are our figures
labels = c('a.', 'b.') # The labels
)
toppanel
También podemos hacer arreglos con arreglos, por ejemplo:
p1 <- ggarrange(toppanel, figures$timeseries, ncol = 1, heights = c(2, 1), labels = c('','c')) # Add another figure at the bottom
p1
Finalmente podemos añadir un título general para el arreglo:
p1 %>%
annotate_figure(top = text_grob('Summary of the findings', face = 'bold', size = 20))
Tenga en cuenta que la especificación del texto usa la función
text_grob()
, que es similar a la forma en que especificamos
el texto para los temas en ggplot.
Las facetas son una forma de estratificar los datos en función de las
variables en el conjunto de datos, puede pensarlo de manera similar a
como hemos estado usando grupos. Para crear un gráfico estratificado
podemos usar la función facet_grid()
que pedirá una
variable para las filas y otra para las columnas:
figures$timeseries +
facet_grid(rows = vars(trap_type))
figures$histogram <- captures %>% # The data we will use
ggplot() + # set the canvas
geom_histogram(aes(treated), fill = 'red4') + # We will create a histogram of the Age
facet_grid(
rows = vars(trap_type), # We will use the Sex variable for rows
cols = vars(municipality) # We use the Result variable for Columns
)
figures$histogram
Ahora que conoces algunas herramientas para buscar información, tendrás que hacer tus figuras por tu cuenta. Si desea hacer figuras con los conjuntos de datos que hemos estado usando, puede hacerlo o puede usar cualquiera de los códigos en línea para replicarlos.
Al final, tendremos una discusión en la que podrá compartir sus cifras y solucionar cualquier problema que haya tenido. Si creaste algo que te gustaria compartir, subelo a la carpeta compartida:
This lab has been developed with contributions from: Jose Pablo
Gomez-Vazquez.
Feel free to use these training materials for your own research and
teaching. When using the materials we would appreciate using the proper
credits. If you would be interested in a training session, please
contact: jpgo@ucdavis.edu